Evoluution myötä kasvit ja eläimet ovat kehittäneet puolustusmekanismeja, mukaan lukien kemialliset karkotteet ja toksiinit, hyökkääviä organismeja vastaan. Hyökkäävät organismit ovat puolestaan kehittäneet mekanismeja, joiden avulla ne voivat puhdistaa myrkkyjä tai muuten vastustaa isäntiensä puolustuskemikaaleja. Näin ollen näyttää siltä, että useimmat tuholaislajit sisältävät jo geenejä, joiden avulla ne voivat hajottaa entsymaattisesti tai muuten kiertää monien nykyaikaisiksi torjunta-aineiksi kehitettyjen kemikaalien myrkylliset vaikutukset. Torjunta-aineresistenssi on siksi geneettisesti perustuva ilmiö, ja sitä esiintyy, kun torjunta-ainetta käytetään populaatiossa, joka sisältää joitakin yksilöitä, jotka ovat geneettisesti alttiita vastustuskykyisiksi kyseiselle torjunta-aineelle. Toistuvat käyttökerrat ja korkeammat käsittelynopeudet tappavat yhä enemmän tuholaisia, mutta resistentit eloonjääneet siirtävät resistenssigeenit seuraavalle sukupolvelle. Ellei erilaista käsittelyä käytetä, populaatiossa on yhä enemmän vastustuskykyisiä tuholaisia ja missä lisääntymisaste on korkea, esim. hyönteisissä, koko populaatio tulee nopeasti vastustuskykyiseksi.
Kun tuholainen on kehittänyt vastustuskyvyn tietylle torjunta-aineelle, sen torjuntaan tarvitaan muita keinoja. Yksi tapa on käyttää erilaista torjunta-ainetta, erityisesti eri kemikaaliluokkaa, jolla on erilainen vaikutustapa tuholaisia vastaan. On kuitenkin huolehdittava siitä, ettei populaatiossa esiinny moninkertaista resistenssiä eli resistenssiä useille torjunta-aineluokille. Paras strategia on välttää vastustuskykyisen populaation muodostumista ja tätä varten on kehitetty erilaisia menetelmiä. Erilaisia hallintastrategioita on suositeltu, jotta vältetään vastustuskykyisten populaatioiden muodostuminen torjunta-aineiden käytöstä. Yhdysvaltain ympäristönsuojeluvirasto ja Kanadan PMRA ovat laatineet vapaaehtoisen merkintäjärjestelmän sekä suositukset vastustuksen välttämiseksi, toimintatapojen ja kohdealueen tietojen antaminen käyttäjille.